Màn hình trận chiến. Thông điệp như "Misu" (đánh trượt) xuất hiện trong hộp văn bản, giống như những trò chơi đầu tiên trong loạt. Thông báo trạng thái cũng hiển thị ở nhân vật, giống các trò chơi về sau.

Lối chơi của Final Fantasy III phối hợp yếu tố của hai tác phẩm Final Fantasy đầu tiên với những tính năng mới. Hệ thống chiến đấu theo lượt vẫn giữ nguyên từ hai trò chơi đầu tiên, nhưng HP có thể hiển thị ở phía bên trên mục tiêu mỗi khi mục tiêu bị tấn công hoặc được hồi máu, thay vì chú thích như hai game trước. Tính năng tự chọn mục tiêu để tấn công vật lý sau khi nhân vật đồng minh hoặc quái vật đối phương bị tiêu diệt cũng lần đầu xuất hiện. Không giống như những trò chơi tiếp theo của series, phép thuật trong Final Fantasy III không tự chọn mục tiêu để tấn công theo cùng một kiểu.[12]

Hệ thống điểm kinh nghiệm quay trở lại Final Fantasy III sau khi vắng bóng ở Final Fantasy II. Phân loại lớp nhân vật có trong trò chơi đầu tiên cũng tái xuất hiện với vài thay đổi. Trong game gốc thì người chơi tùy chọn lớp cho từng nhân vật và sự lựa chọn đó sẽ cố định trong suốt trò chơi. Final Fantasy III ra mắt "hệ thống nghề nghiệp" sau này trở nên nổi tiếng trong loạt trò chơi. Nghề nghiệp trong Final Fantasy III thực chất là lớp nhân vật có thể thay đổi tùy thích: trong phiên bản Famicom của game, bốn nhân vật có xuất phát điểm là "Hiệp sĩ Hành",[lower-alpha 2] sau này có thể mở khóa thêm nhiều nghề nghiệp bổ sung khi trò chơi tiến triển. Mọi nhân vật chơi được đều có quyền chọn bất kỳ nghề nào khả dụng và có thể đổi từ nghề này sang nghề khác tùy ý.[13] Chuyển đổi nghề nghiệp sẽ tốn "điểm khả năng"[lower-alpha 3] mà cả nhóm nhân vật nhận được sau mỗi trận chiến, giống như gil.[lower-alpha 4] Tùy vào nghề nghiệp mà có thể sử dụng vũ khí, áo giáp, và thần chú khác nhau. Cấp độ thành thạo của nhân vật đối với một nghề nghiệp cụ thể tăng lên khi nhân vật duy trì nghề đó. Cấp độ nghề nghiệp càng cao thì càng tăng chỉ số của nhân vật và giảm tiêu tốn điểm khả năng cần thiết để chuyển nghề.[12]

Final Fantasy III là trò chơi đầu tiên của series ra mắt các lệnh trận chiến đặc biệt như "Cướp" và "Nhảy",[lower-alpha 5] mỗi lệnh trong số đó liên quan đến một nghề nghiệp cụ thể (chẳng hạn như "Cướp" là đặc trưng của "Đạo tặc",[lower-alpha 6] trong khi "Nhảy" là sở trường của "Kỵ sĩ Rồng").[lower-alpha 7] Một số nghề có những kỹ năng đặc trưng (của nghề đó) không dùng trong trận chiến. Ví dụ như kỹ năng của nghề Đạo chích có thể mở những cánh cửa, còn không thì sẽ yêu cầu key item[lower-alpha 8] đặc biệt.[14] Final Fantasy III cũng là game đầu tiên trong loạt có tính năng "Triệu hồi" (Summon).[13]